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La mayor parte de las enfermedades raras son genéticas y, en consecuencia, crónicas. Se estima que al menos el 80 por ciento de las enfermedades raras tienen un origen genético. El resto provienen de infecciones y alergias o tienen causas degenerativas y proliferantes. También hay algunas producidas por los efectos de la exposición ambiental durante el embarazo, o después del nacimiento, frecuentemente en combinación con susceptibilidades genéticas.

Los síntomas de algunas de estas enfermedades aparecen  en el momento de nacer, mientras que otras, por el contrario, lo hacen una vez alcanzada la edad adulta.

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